Mặc dù không người nối dõi, Francis V đã quyết định giữ tên Este trong dòng dõi Habsburg, khi để lại tài sản khổng lồ cho đại công tước Franz Ferdinand của Áo, với các điều kiện, trong đó có việc người thừa hưởng và những người tiếp theo đó phải dùng tên nhà Este.[1] Những tài sản không thuộc lãnh thổ được thừa hưởng bởi đại công tước Charles Louis của Áo, người em trai của hoàng đế Franz Joseph I của Áo, Áo-Este trở thành một nhánh trong hoàng tộc Áo.

Mặc dù là người thừa hưởng đầu tiên, đại công tước Franz Ferdinand (1863-1914), tuy không phải là con cháu trực tiếp của nữ công tước Este cuối cùng, (Mary Beatrice của Modena), ông ta đã lấy tên là Áo-Este.[1] Vào năm 1896 ông thành người nối ngôi của đế quốc Áo, tuy nhiên theo những điều kiện về một nhánh của hoàng tộc, thì không thể phối hợp di sản của Áo-Este với dòng chính của nhà Habsburg (Đế quốc Áo Hung), nhưng ông ta đã bị ám sát vào ngày 28 tháng 6 năm 1914 tại Sarajevo trước khi trở thành hoàng đế. Bởi vì con cái Franz Ferdinand sinh ra trong một cuộc hôn nhân không môn đăng hộ đối, vào ngày 16 tháng 4 năm 1917 hoàng đế Franz Joseph, với tư cách là gia trưởng nhà Habsburg, đã ban cho cháu gọi bằng ông, Robert, đại công tước của Áo, tên họ, huy hiệu và tài sản của Áo-Este.[2] Qua mẹ ông, bà Zita của Bourbon-Parma, Robert cũng là con cháu của công tước Ercole III của Modena, và như vậy là công tước cuối cùng của nhà Este mà đã lấy cái tên Áo-Este.